С 1960-х годов облик Царицына, ставшего частью Москвы, начинает стремительно меняться. На месте бывших подмосковных деревень и дачных поселков и садов вырастают жилые кварталы столичных микрорайонов «Ленино», «Орехово-Северное» и др. Сельские дороги превращаются в транспортные магистрали. Прежняя сельская тишина царицынских ландшафтов сменяется несмолкаемым шумом мегаполиса.

В конце 1960-х годов специалисты Моспроекта – 3 под руководством архитектора В.Я. Либсона начали разработку проектов научной реставрации его архитектурных и ландшафтных памятников. Однако практическое осуществление реставрационных задач оказалось сложным, и к концу 1970-х годов царицынский ансамбль вновь оказался бесхозным. В 1982 году Министерство культуры СССР создает Государственный музей декоративно-прикладного искусства народов СССР. Первым его директором стал народный художник СССР И.С. Глазунов. Разместить новый всесоюзный музей решили в Царицыне, поэтому И.С. Глазунову предложили продолжить прерванную ранее реставрацию царицынского ансамбля под музейные цели. Уже в годы горбачевской перестройки научный коллектив музея предложил Министру культуры СССР Н.Н. Губенко преобразовать его в музей-заповедник «Царицыно» с концепцией многопрофильного историко-культурного и музейно-выставочного комплекса. Однако осуществить эту стратегию удалось в 1993 году после принятия решения Правительства России о создании Государственного историко-архитектурного, художественного и ландшафтного музея-заповедника «Царицыно».

За истекшие два десятилетия своей истории музею удалось достигнуть весомых результатов. Под руководством В.И. Аниковича, директора музея с 1987 по 2001 года, была завершена реставрация практически всех, кроме Хлебного дома, построек В.И. Баженова. Музей владеет обширными коллекциями, организует многочисленные выставки, проводит разнообразные экскурсионные и образовательные программы. Научные исследования сотрудников, материалы, проходящих здесь конференций, находят отражение на страницах изданий музея, в том числе ежегодного «Царицынского научного вестника».

В 2004 году Правительство России приняло решение – передать музей под управление Правительства Москвы. Мэр Москвы Ю.М. Лужков не замедлил с программой дальнейших действий. Уже в ближайшие годы музей-заповедник превратиться в крупнейший на юге Москвы историко-культурный, музейно-выставочный, природоохранный, досугово-рекреационный и туристический комплекс с общей площадью свыше 700 гектар.